SWATH (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra) 和 DIA (Data-Independent Acquisition) 是两种质谱技术，主要用于蛋白质组学研究。它们都是数据独立采集的策略，与传统的数据依赖采集（DDA, Data-Dependent Acquisition）方式不同。
一、SWATH (Sequential Window Acquisition of All Theoretical Mass Spectra):
SWATH是SCIEX公司为其TripleTOF系列质谱仪开发的DIA技术的一个商标名称。
在SWATH模式下，预设的质荷比窗口会依次扫描整个质谱范围，捕获所有离子的碎片信息。
通过这种方法，实验可以多次复现，因为所有潜在的肽段信息都被记录下来。
二、DIA (Data-Independent Acquisition):
DIA是一个通用术语，描述的是一种不依赖于实时离子丰度决策的质谱采集策略。
在DIA模式下，质谱仪会在预设的质荷比窗口范围内系统地捕获所有的碎片离子，而不是基于其丰度选择特定的前体离子进行碎裂。
SWATH只是DIA策略的一个实例。
三、应用与优势：
DIA和SWATH提供了更全面的样品覆盖率，因为它们不依赖于前体离子的丰度进行碎裂决策。
它们特别适用于定量蛋白质组学研究，因为捕获的数据可以在不同的实验之间进行比较。
与DDA相比，它们提供了更高的复现性。
图1. 数据独立采集定量蛋白组分析
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